La désinfection bactériologique ou "désinfection finale" est toujours la dernière étape de traitement d'une installation. Ce traitement permet l'injection d'un désinfectant rémanent qui sécurisera la distribution de l'eau en tout point du réseau. Elle ne sera efficace que si l'eau traitée répond favorablement aux critères physico-chimiques (dureté, fer, manganèse, turbidité,...) . Une eau d'origine privée avec une grande quantité de germes pathogènes nécessitera un réservoir de temps de contact correctement dimensionné pour éliminer la totalité des germes avant sa distribution